main.nf

#!/usr/bin/env nextflow
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    nf-core/sammyseq
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    Github : https://github.com/nf-core/sammyseq
    Website: https://nf-co.re/sammyseq
    Slack  : https://nfcore.slack.com/channels/sammyseq
----------------------------------------------------------------------------------------
*/

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    IMPORT FUNCTIONS / MODULES / SUBWORKFLOWS / WORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

include { SAMMYSEQ                } from './workflows/sammyseq'
include { PIPELINE_INITIALISATION } from './subworkflows/local/utils_nfcore_sammyseq_pipeline'
include { PIPELINE_COMPLETION     } from './subworkflows/local/utils_nfcore_sammyseq_pipeline'
include { PREPARE_GENOME          } from './subworkflows/local/prepare_genome'
include { getGenomeAttribute      } from './subworkflows/local/utils_nfcore_sammyseq_pipeline'

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    GENOME PARAMETER VALUES
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

//   This is an example of how to use getGenomeAttribute() to fetch parameters
//   from igenomes.config using `--genome`
params.fasta         = getGenomeAttribute('fasta')
params.bwa_index     = getGenomeAttribute('bwa')
params.bowtie2_index = getGenomeAttribute('bowtie2')
params.gtf           = getGenomeAttribute('gtf')
params.gene_bed      = getGenomeAttribute('gene_bed')
params.blacklist     = getGenomeAttribute('blacklist')
params.binsize       = getGenomeAttribute('binsize')

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    NAMED WORKFLOWS FOR PIPELINE
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

//
// WORKFLOW: Run main analysis pipeline depending on type of input
//
workflow NFCORE_SAMMYSEQ {

    take:
    samplesheet // channel: samplesheet read in from --input

    main:

    //
    // WORKFLOW: Run pipeline
    //
    SAMMYSEQ (
        samplesheet,
    )
    emit:
    multiqc_report = SAMMYSEQ.out.multiqc_report // channel: /path/to/multiqc_report.html
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    RUN MAIN WORKFLOW
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

workflow {

    main:
    //
    // SUBWORKFLOW: Run initialisation tasks
    //
    PIPELINE_INITIALISATION (
        params.version,
        params.validate_params,
        params.monochrome_logs,
        args,
        params.outdir,
        params.input
    )

    //
    // WORKFLOW: Run main workflow
    //
    NFCORE_SAMMYSEQ (
        PIPELINE_INITIALISATION.out.samplesheet
    )
    //
    // SUBWORKFLOW: Run completion tasks
    //
    PIPELINE_COMPLETION (
        params.email,
        params.email_on_fail,
        params.plaintext_email,
        params.outdir,
        params.monochrome_logs,
        params.hook_url,
        NFCORE_SAMMYSEQ.out.multiqc_report
    )
}

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    THE END
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/