Datensatzdokumentation
AKTIN-Notaufnahmeregister, Robert Koch-Institut
Beitragende
Susanne Drynda¹ (ProjectLeader), Ronny Otto¹ (DataManager), Wiebke Schirrmeister¹ (ProjectLeader), Jonas Bienzeisler² (DataManager), Alexander Kombeiz² (DataCurator), Robert Koch-Institut | Fachgebiet 32, Madlen Schranz³ (Researcher), Theresa Kocher³ (Researcher)
¹AKTIN-Notaufnahmeregister | AKTIN-Geschäftsstelle
²AKTIN-Notaufnahmeregister | AKTIN-IT
³Robert Koch-Institut | Fachgebiet 32
Zitieren
Drynda, S., Otto, R., Schirrmeister, W., Bienzeisler, J., Kombeiz, A., Schranz, M., & Kocher, T. (2025). Open Data Sandbox [Data set]. Zenodo. https://doi.org/10.5072/zenodo.171784
Zusammenfassung
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Inhaltsverzeichnis
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Die Datei Sandbox_Data.tsv enthält die in der folgenden Tabelle abgebildeten Variablen und deren Ausprägungen. Ein maschinenlesbares Datenschema ist im Data Package Standard in tableschema_Sandbox_Data.json hinterlegt:
| Variable | Typ | Ausprägungen | Beschreibung |
|---|---|---|---|
| LINEAGE | string | Beispiel: BA.2 |
Zugewiesene Pangolin Lineage |
| WHO_LABEL | string | Beispiel: Omikron |
Name der Virusvariante, der von der World Health Organisation vergeben wurde |
| CONTRIBUTING_LINEAGES | string | Beispiel: JN.13.1 |
Pangolin Lineages, die von der Lineage abstammen |
| COLOR | any | Veraltete Variable. Ist nicht mehr relevant und wird persepektivisch entfernt. | |
| variant_category | string | Werte: VOC, VOI |
WHO Einstufung der Variante als VOC (variant of concern) oder VOI (variant of interest) |
Die Datei Sandbox_Data_lfs.tsv enthält die in der folgenden Tabelle abgebildeten Variablen und deren Ausprägungen. Ein maschinenlesbares Datenschema ist im Data Package Standard in tableschema_Sandbox_Data_lfs.json hinterlegt:
| Variable | Typ | Ausprägungen | Beschreibung |
|---|---|---|---|
| igs_id | string | Beispiel: IGS-10099-CVDP-01A2C74B-54A8-47B1-B7E4-6562C6231234 |
Ein eindeutiger Identifikator der Sequenzdaten und Metadaten zusammenführt. Dieser Identifikator wird als Teil der FASTA ID in den Sequenzdaten genutzt. |
| date_of_sampling | date | Format: YYYY-MM-DDTHH:MM:SS |
Datum der Probeentnahme im ISO 8601 Format ohne Zeitzone |
| sequencing_platform | string | Beispiel: ILLUMINA |
Die verwendete Sequenzierungs-Plattform auf Basis der von ENA zugelassenen Ontologie (siehe ena). |
| sequencing_reason | string | Werte: random, requested, clinical, other |
Grund für die Durchführung der Sequenzierung random: Die Probe wurde randomisiert genommen. requested: Die Probe wurde aufgrund von Bedenken/Verdacht auf eine neue Variante oder Vergleichbares genommen. clinical: Die Probe kommt aus einem klinischem Umfeld. other: Der Grund it keiner der oben genannten. |
| isolation_source | string | Beispiel: Nasopharyngeal swab (specimen) |
DEMIS Vokabular |
| lab_sequence_id | string | Beispiel: 873a7cc28d29e3f17b0544ea6e9e8436defe32f6d60649159ee8ac78d4147ac9 |
Vom Labor genutzte FASTA ID in verschlüsselter Form |
| date_of_submission | date | Format: YYYY-MM-DDTHH:MM:SS |
Datum des Eingangs des Genoms am RKI im ISO 8601 Format ohne Zeitzone |
| version | integer | Werte: ≥0 |
Version der Sequenz startend mit 0 |
| prime_diagnostic_lab.demis_lab_ id |
string | Beispiel: DEMIS-10099 |
Identifikationsnummer des primärdiagnostischen Labors |
| prime_diagnostic_lab.postal_ code |
string | Beispiel: 50858 |
Postleitzahl des primärdiagnostischen Labors |
| sequencing_lab.demis_lab_id | string | Beispiel: DEMIS-10099 |
Identifikationsnummer des sequenzierenden Labors |
| sequencing_lab.postal_code | string | Beispiel: 50858 |
Postleitzahl des sequenzierenden Labors |
| lineages | string | Beispiele: [{'method': 'PANGOLIN_LATEST', 'classification_version': 'PUSHER-v1.28.1', 'tool_version': '4.3', 'lineage': 'BA.2', '@qc_notes': 'Ambiguous_content:0.02', '@is_designated': False, '@qc_status': 'pass', '@conflict': 0.0, '@note': 'Usher placements: BA.2(1/1)'}] |
Pangolin Zuordnung im JSON-Format |
Zur Erhöhung der Auffindbarkeit sind die bereitgestellten Daten mit Metadaten beschrieben. Über GitHub Actions werden Metadaten an die entsprechenden Plattformen verteilt. Für jede Plattform existiert eine spezifische Metadatendatei, diese sind im Metadatenordner hinterlegt:
Versionierung und DOI-Vergabe erfolgt über Zenodo.org. Die für den Import in Zenodo bereitgestellten Metadaten sind in der zenodo.json hinterlegt. Die Dokumentation der einzelnen Metadatenvariablen ist unter https://developers.zenodo.org/#representation nachlesbar.
In der zenodo.json ist neben dem Publikationsdatum ("publication_date") auch der Datenstand in folgendem Format enthalten (Beispiel):
"dates": [
{
"start": "2023-09-11T15:00:21+02:00",
"end": "2023-09-11T15:00:21+02:00",
"type": "Collected",
"description": "Date when the Dataset was created"
}
],
Offene Forschungsdaten des RKI werden auf Zenodo.org, GitHub.com, OpenCoDE und Edoc.rki.de bereitgestellt:
- https://zenodo.org/communities/robertkochinstitut
- https://github.com/robert-koch-institut
- https://gitlab.opencode.de/robert-koch-institut
- https://edoc.rki.de/
Der Datensatz "Open Data Sandbox" ist lizenziert unter der Creative Commons Namensnennung 4.0 International Public License | CC-BY 4.0 International.
Die im Datensatz bereitgestellten Daten sind, unter Bedingung der Namensnennung des Robert Koch-Instituts als Quelle, frei verfügbar. Das bedeutet, jede Person hat das Recht die Daten zu verarbeiten und zu verändern, Derivate des Datensatzes zu erstellen und sie für kommerzielle und nicht kommerzielle Zwecke zu nutzen. Weitere Informationen zur Lizenz finden sich in der LICENSE bzw. LIZENZ Datei des Datensatzes.
Dies ist ein Beispiel-Appendix 📂.