Análise de dados e redação científica colaborativos -- R & CIA

Local: Programa de Pós-Graduação em Agronomia--Ciência do Solo (PPGA-CS) da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ)
Data: 19--21 de fevereiro de 2019
Carga horária: 16 horas
Público: mestrandos, doutorandos, pós-doutorandos e professores

Objetivos

Os objetivos geral da oficina é conhecer um conjunto de ferramentas abertas e livres -- com foco no R -- para a análise de dados e redação científica colaborativas e reprodutíveis. Ao final da oficina os participantes serão capazes de estabelecer rotinas de trabalho de análise de dados usando um sistema de controle de versão e gerenciamento de código fonte (git) e de pacotes do R (packrat). Também saberão utilizar pacotes modernos de manipulação de dados no R (tidyverse) e linguagens de marcação (rmarkdown e LaTeX) para documentação das rotinas de análise de dados e produção do documentos científicos em vários formatos (knitr e pandoc). Finalmente, terão a capacidade de gerenciar projetos de análise de dados e a redação científica colaborativos.

Conteúdo

Os tópicos a serem abordados na oficina são os seguintes:

1. Parte I -- Preliminares
   • Definição do problema
   • Objetivo da oficina
2. Parte II -- Preparação do ambiente de trabalho
   • R -- Ambiente de software para computação estatística e gráficos
   • RStudio -- Ambiente de desenvolvimento integrado
   • Git -- Controle de versão e gerenciamento de código fonte
   • Packrat -- Gerenciamento de pacotes e dependências
   • Markdown -- Uma linguagem simples de marcação
3. Parte III -- Ambiente de software para computação estatística, gráficos e redação científica
   • R Markdown -- Linguagem de marcação avançada e caderno de anotações
   • Pipes -- Operadores que tornam seu código mais legível
   • dplyr -- Gramática de manipulação de dados
4. Ambiente de análise de dados e redação científica colaborativos
   • febr -- Repositório Brasileiro Livre para Dados Abertos do Solo
   • GitHub -- Desenvolvimento colaborativo
   • Produção de documentos científicos:
     • Equações matemáticas: LaTeX
     • knitr e pandoc
     • Formação e referências bibliográficas
   • Compartilhamento de texto: googledrive

Os exercícios serão realizados utilizando dados reais do solo obtidos do Repositório Brasileiro Livre para Dados Abertos do Solo (febr).

O cronograma de atividades é o seguinte:

Dia	Horário	Conteúdo
19-01-19	14:00--18:00	1. Aquecimento ou preliminares; 2. Preparação do ambiente de trabalho
20-01-19	08:00--12:00	2. Preparação do ambiente de trabalho; 3. Ambiente de análise de dados
20-01-19	13:30--17:30	3. Ambiente de análise de dados; 4. Ambiente de análise de dados e redação científica colaborativos
21-01-19	08:00--12:00	4. Ambiente de análise de dados e redação científica

NOTA: Alterações no cronograma poderão ocorrem em decorrência do horário do término da defesa da tese de doutorado de Elias Mendes Costa, que ocorrerá na manhã do dia 19-01-19, terça-feira.

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